Maristuen har en lang historie og er sannsynligvis det eldste overnattingssted i Norge som har vært i kontinuerlig drift helt siden 1300 tallet.

I en kirkelig jordebok fra første halvdel av 1300 tallet, kalt Bergens Kalvskinn, er det skrevet om Maristuen som en selestove/sjelestove oppe i Borgund. Kirken som var svært rik og mektig på den tiden, betalte 30 mark brent sølv for byggningen og 8 kuer. Den fikk senere navnet Margretestuen. Trolig ble den av kirken viet til den hellige Margrete. Senere ble navnet forenklet til Maristuen.
Kongen synes også det var viktig å ha et sted de reisende kunne overnatte på sin vei over fjellet. I 500 år ble selestuen støttet av en særskatt som almuen i de nærliggende kommuner måtte betale, bestemt av kongen.

Til å begynne med var det kirken som sto for driften av stova. Selestovene var på den tiden ubetjente enkle koier som i følge en beretning sto åpne for alle og enhver og som kunne romme opp til 12 mennesker. Etter reformasjonen (ca 1550) var det staten/kongen som overtok driften av selestovene og ansatte bestyrere.

I 1792 ble det bygget en ny fornem fjellstue på Maristuen. I reglene for stuen het det at den skulle være til nytte for reisende utenfor bondestanden og ingenlunde til bruk for bønder i nogenslags måte. Fra før var det enklere byggninger på Maristuen som bøndene kunni bo i. Det var stor klasseforskjell den gang.
Stuen fra 1792 står i dag som museum på Maristuen.

I 1839 ble Anders Jonsen Nystuen ansatt som bestyrer. I 1847 fikk han kjøpt stedet av staten med plikt til å kjøre posten og å holde veistakene ved like over fjellet om vinteren så folk fant frem. Han var forpliktet til å holde gjestgiveri samt yte de reisende forsvarlig forpleining.

Anders kjøpte en flokk reinsdyr for å drive tamreindrift. Det var viktig å kunne servere ferskt kjøtt til de reisende. Dessuten ble det fisket ørret fra egne fjellvann og gården skaffet melk, fløte, hjemmelaget smør og ost. Slik ble det drevet i flere generasjoner. Gårdens drift var viktig for hotellet. Siden det var skysstasjon, var det også en god del hester til de reisendes disposisjon. Tamrein er fremdeles i familiens eie. Disse kan
man støte på når man går tur i fjellet om sommeren.

Turisttrafikken steg mot slutten av 1800 tallet og gjorde det nødvendig å utvide.

Det første hotellbygget sto ferdig i 1888. Det var moderne, med innlagt rennende vann.

I 1893 ble hotellet utvidet med ny spisesal, flere rom, 6 vannklosett og et tårn.

En årrekke var hotellet bare åpent sommerstid. Men da 4. generasjon overtok (Kari og Knut Maristuen) ble det vinterturisme i 30 årene. Hotellet ble modernisert og fikk elektrisk strøm fra eget elektrisitetsverk i 1939.

Under krigen ble hotellet okkupert av tyskerne en kort stund.

I 1949 og 1966 ble det foretatt større moderniseringer. Hotellet fikk flere rom med bad og wc for å tilfredsstille de mange gruppereisende som etter hvert kom i busser hver dag hele sommeren.

I 1976 brant dessverre hotellet ned til grunnen.

Mange kunstnere og kongelige har besøkt Maristuen.

Kongefamilien Håkon, Maud og Olav i 1913, 1916 og 1921. Den norsk/svenske kronprins Gustav i 1898.

Edvard Grieg var her flere ganger. Siste gang i 1906. Adolph Tidemand tegnet et portrett av

Anders J. Maristuen i 1855. Gerhard Munthe malte en akvarel fra Maristuen i 1917.

J. Flintoe malte en akvarell fra Maristuen i 1822.

I dag er det 7 utleiehytter, et stort feriehus, en historisk leilighet av høy standard og helårs campingplass.
Utleiehyttene blir drevet av 6. generasjon Maristuen.